Ведомственный анатомический музей начал создаваться одновременно с основанием кафедры анатомии человека Харьковского национального медицинского университета.

Сейчас в нем есть четыре зала, общей площадью более 600 кв.м., где экспонируются около 4500 анатомических препаратов, демонстрирующие строение тела человека и некоторых животных в норме и при пороках развития.

Значительная коллекция препаратов отражает особенности антропогенеза, эволюционной и сравнительной макромикроскопической анатомии вегетативной и соматической нервной систем. В музее экспонируются уникальные мумифицированные препараты датированы началом и серединой XIX века, а также коллекция искусственно деформированных черепов человека около двухтысячелетней давности, найденных при раскопках в Крыму и Левобережной Украине проф. Виктором Владимировичем Бобиним.

Один из залов музея посвящен памяти академика В.П. Воробьева, где выставлено большое количество экспонатов, отражающих его жизнь и творческие достижения. В 2000 году, в связи с приближающимся 125-летию со дня рождения выдающегося анатома, в мемориальном музее кафедры экспонируется восковая фигура В.П.Воробьева и новая оригинальная экспозиция, которая воспроизводит обстановку 30-х годов прошлого столетия – времена заведования кафедрой академиком В.П. Воробьевым. Лекционная аудитория-амфитеатр, наряду с отличными акустическими данными, имеет оригинальные архитектурные